Классифицируются фунгициды по таким принципам: характер воздействия на возбудителей заболеваний, назначение и применение, а также химическая природа. Согласно характеру воздействия делят их на профилактические и терапевтические, первые предотвращают, а вторые лечат от заболевания. Согласно назначению и применению, делятся они на те, которые используют в вегетационный период или в период покоя растений. Также они разделяются на те, которыми обрабатывают почву или посевной материал. Согласно химической природе их разделяют на органические и неорганические, основой которых выступает марганец, сера, железо, медь.